Nachdem er im ersten Buch des ersten Bandes die Erschaffung der Welt dargestellt und die Schwerkraft behandelt hat, erläutert Kircher im zweiten Buch anhand des von Tycho de Brahe entwickelten geozentrischen Weltbildes die Beziehungen der Erde zu Sonne, Mond und den übrigen Planeten. 

Er erklärt die Entstehung von Quellen, Bächen und Flüssen, die von großen unterirdischen Wasserspeichern gespeist werden, und lokalisiert den sagenhaften Inselstaat Atlantis, über den ägyptische und griechische Geographen berichtet haben. 
Die folgenden vier Bücher befassen sich mit Meereskunde, Vulkanologie, Hydrologie sowie den vier Elementen Feuer, Luft, Wasser und Erde.

Im zweiten Band des umfangreichen Werkes beschreibt Kircher die Produkte der unterirdischen Welt.
Neben Versteinerungen von Pflanzen, Tieren, Menschen und Dämonen gehören dazu Gifte und Gegengifte sowie Edelsteine, Erze und Mineralien. 
Nach einer scharfen Kritik an der Alchemie seiner Zeit versucht Kircher zu zeigen, wie die Kräfte der Natur zum Wohle des Menschen eingesetzt werden können.

Obwohl ihm Kritiker vorgehalten haben, seine Werke mit zu viel Phantasie und großer Ungenauigkeit verfasst zu haben, betrachtete Kircher Naturerscheinungen als Teile eines Ganzen, das nur durch Zusammenfassung von empirischer und experimenteller Beobachtung, literarischer Tradition und Spekulation erschlossen werden kann. 

Deshalb verweist er  immer wieder auf eigene Experimente, die er in seinem damals berühmten Museum durchgeführt habe und beruft sich auf die Aussagen antiker Gelehrter, deren Schriften er gelesen hat.

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• Magie des Wissens,
• Menschheit,
• Weltall,
• Museum Kircherianum.